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Les minutes des séances du Consistoire pour cette année nous révèlent le début de plusieurs conflits importants qui culminèrent en 1555 avec la défaite d'Ami Perrin et des Enfants de Genève face à Calvin. À la suite de la querelle entre Calvin et Bolsec à propos de la prédestination et le libre arbitre, nous retrouvons plusieurs souteneurs de Bolsec devant le Consistoire. En 1551, le Consistoire doit aussi faire front à plusieurs Genevois mécontents du pouvoir grandissant des pasteurs et du nombre de réfugiés qui croissait rapidement. Des citoyens influents, tels que Philibert Berthelier et Jean-Philibert Bonna, un membre du Consistoire lui-même, se rebellent et tentent de restreindre l'autorité du Consistoire et des pasteurs. Ayant déjà eu du succès à détourner les Genevois des pratiques catholiques, le Consistoire peut maintenant se concentrer sur d'autres affaires morales. Ainsi, dans ce registre, on trouve beaucoup de gens convoqués pour avoir dansé, joué aux jeux de hasard ou chanté des chansons profanes. Le Consistoire semble se concentrer en particulier sur le problème des blasphémateurs à tel point que, vers la fin de 1551, le Petit Conseil publie une ordonnance contre les serments frivoles et les blasphèmes. En plus, les actions du Consistoire contre la sexualité illicite continuent à être courantes, ainsi que les questions matrimoniales et les tentatives de réconciliation entre des parties adverses.